Lucio Fregonese si è laureato con lode in fisica all’Università degli studi di Pavia, presso la quale è stato assunto nel 1996 in qualità di conservatore del Museo per la Storia dell’Università. Nel 1999 ha conseguito un dottorato in Storia e Filosofia della Scienza (PhD) all’Università di Cambridge (UK), preceduto nel 1995 da un Master nello stesso settore presso la stessa Università. Nel 2001 ha conseguito l’idoneità di professore universitario di II fascia, settore FIS/08, Didattica e Storia della Fisica. Dal 2005 al 2008 ha prestato servizio come professore di II fascia (non confermato) presso il Dipartimento di Fisica dell’Università degli Studi di Pavia. Dal 2008 presta servizio come professore di II fascia confermato presso lo stesso Dipartimento, tenendo i corsi principali di Storia della Fisica e Museologia Scientifica. Ha tenuto anche svariati corsi di Storia della Fisica nell'ambito della S.I.L.S.I.S. per la formazione dei docenti di scuola superiore. Dall’anno accademico 2011-2012 tiene il corso di Storia della Fisica per l’Insegnamento nell’ambito del TFA (Tirocinio Formativo Attivo) per la formazione degli insegnanti della Scuola Media Superiore. Dal 2012 è Presidente del Consiglio Direttivo della S.I.S.F.A. (Società Italiana degli Storici della Fisica e dell'Astronomia) e in precedenza è stato membro del Consiglio direttivo della stessa Società. 